Tag: Genomas

  • Tarakanuose aptiko tūkstančius bakterijų DNR fragmentų: ką tai sako apie jų ištvermę ir evoliuciją

    Naujas tarakonų genomų tyrimas atskleidė netikėtą detalę: kai kurių rūšių DNR slepia tūkstančius mažų fragmentų, kilusių iš su tarakonais seniai susijusios bakterijos Blattabacterium cuenoti. Mokslininkai pabrėžia, kad tai nereiškia, jog tarakonai yra „iš dalies bakterijos“, tačiau rodo daug glaudesnius ryšius su mikrobų pasauliu, nei manyta.

    Tyrimo rezultatai publikuoti Proceedings of the National Academy of Sciences. Autorių teigimu, tai gali būti vienas ryškiausių pavyzdžių, kaip gyvūnų genomuose ilgainiui gali kauptis iš kitų organizmų perimtos genetinės „nuotrupos“.

    Genų „šokinėjimas“ tarp nesusijusių rūšių vadinamas horizontaliu genų pernašumu. Bakterijoms tai įprastas reiškinys, nes jos lengvai apsikeičia genetine medžiaga, ypač gyvendamos arti viena kitos, o tai, pavyzdžiui, padeda greičiau plisti atsparumui antibiotikams.

    Sudėtingesniems organizmams, tokiems kaip vabzdžiai, toks procesas laikomas retesniu, nes jų DNR saugoma ląstelės branduolyje, o paveldimi pokyčiai turi patekti į lytines ląsteles. Būtent todėl tarakonų atvejis patraukė ypatingą tyrėjų dėmesį.

    Blattabacterium bakterijos tarakonuose gyvena labai glaudžiai: jos įsikuria specialiose ląstelėse ir perduodamos iš kartos į kartą per kiaušinėlius. Toks ilgalaikis „bendras gyvenimas“ sukuria daug progų bakterijų genetinei medžiagai patekti šalia šeimininko DNR ir, retais atvejais, į ją įsiterpti.

    Tyrėjai, lygindami tarakonų ir termitų genomus, ieškojo atitikmenų, būdingų Blattabacterium. Daugiausia įterpų aptikta Australijos tarakonų grupėse Panesthiinae ir Geoscapheinae, kur jų skaičius viršijo 3 000.

    Nors tarakonai garsėja ištverme, mokslininkai ragina nepervertinti šių rezultatų: dauguma aptiktų fragmentų yra labai trumpi, neretai net ne primenantys pilnaverčių genų. Tai labiau panašu į genetinius „pėdsakus“, o ne į veikiančias instrukcijas, kurios iškart suteikia naujų savybių.

    Vis dėlto intriguoja tai, kad dalis fragmentų, sprendžiant iš jų pasiskirstymo skirtingose grupėse, gali būti labai seni ir išsilaikyti dešimtis milijonų metų. Tokie ilgaamžiai įrašai kelia klausimą, ar bent kai kurie jų kartais galėjo įgyti funkciją, tačiau šiuo metu tai dar nėra patvirtinta.

    Tyrimo autoriai pabrėžia: atradimas labiau plečia supratimą apie evoliuciją ir simbiozę, nei pateikia paprastą atsakymą, kodėl tarakonus taip sunku išnaikinti. Genomai gali būti kur kas sudėtingesni, o ryšiai su mikroorganizmais – gilesni, nei ilgą laiką rodė klasikiniai modeliai.

  • Mokslininkai aptiko 1 700 slaptų baltymų: tai gali pakeisti vėžio ir kitų ligų gydymą

    Mokslininkai aptiko 1 700 slaptų baltymų: tai gali pakeisti vėžio ir kitų ligų gydymą

    Mokslininkai praneša aptikę daugiau nei 1 700 iki šiol nepastebėtų baltymų tipo molekulių žmogaus ląstelėse. Jos aptiktos tose genomo vietose, kurios ilgą laiką buvo laikomos nekoduojančiomis arba menkai reikšmingomis, todėl atradimas papildo supratimą, kiek informacijos iš tiesų yra panaudojama ląstelėse.

    Šios molekulės nėra klasikiniai dideli baltymai, kuriuos įprastai aprašo genų anotacijos. Dalis jų labai mažos arba neįprastos sandaros, todėl tyrėjai jas išskyrė į atskirą kategoriją ir siūlo terminą peptidein, pabrėždami, kad tai tarpinė grandis tarp peptidų ir tradicinių baltymų.

    Tai kilo iš „tamsiojo“ genomo

    Daug metų biologijoje dominavo požiūris, kad tik nedidelė DNR dalis koduoja baltymus, o likusi dalis tėra vadinamoji šiukšlinė DNR. Pastaraisiais dešimtmečiais šis įsitikinimas sparčiai keičiasi, nes vis daugiau nekoduojančių sričių siejama su genų reguliacija, ląstelių veiklos valdymu ir ligų rizika.

    Naujausias darbas šią kryptį sustiprina: „tamsiojo“ genomo sritys, pasirodo, gali ne tik reguliuoti kitus genus, bet ir pačios duoti pradžią naujai molekulių klasei. Tyrėjai pabrėžia, kad tai plečia žinomą proteomą ir gali pakeisti, kaip ieškoma ligų mechanizmų.

    Milžiniška duomenų analizė ir pirmieji signalai apie vėžį

    Atradimas paremtas plataus masto skaičiavimais ir daugybės eksperimentų duomenimis, kai buvo tikrinama, ar iš vadinamųjų nekonvencinių atvirų skaitymo rėmų susidaro aptinkamos molekulės. Iš tūkstančių kandidatinių sričių identifikuota 1 785 mikrobaltymų tipo junginių, kuriuos pavyko patvirtinti kaip realiai susidarančius ląstelėse.

    Vienas iš labiausiai dėmesį patraukusių pavyzdžių siejamas su genu, anksčiau laikytu nekoduojančiu: laboratoriniuose bandymuose išjungus su juo susijusią molekulę, vėžinės ląstelės augo prasčiau. Tai dar nereiškia, kad artimiausiu metu atsiras naujas vaistas, tačiau rodo, jog dalis peptidein gali turėti konkrečias biologines funkcijas.

    Ką tai gali reikšti medicinai?

    Didžioji dalis naujai aptiktų molekulių funkcijų dar neaiški, todėl artimiausiais metais laukia daug papildomų tyrimų, įskaitant jų raišką skirtinguose audiniuose ir sąsajas su ligomis. Jei paaiškės, kad dalis peptidein yra būtini tam tikroms vėžio ar kitų ligų ląstelių grandinėms, jie galėtų tapti naujais diagnostikos žymenimis ar gydymo taikiniais.

    „Mes tik pradedame suprasti, ką gali pasiūlyti šis tamsusis proteomas“, – sakė vienas iš tyrėjų, pabrėždamas, kad ši kryptis gali atverti naujų galimybių ieškant ligų priežasčių ir kuriant terapijas.

    Tyrimas publikuotas žurnale „Nature“, o autoriai pabrėžia, kad atradimas labiausiai keičia patį žemėlapį: kas laikyta tylia genomo zona, gali būti aktyvi ir biologiškai reikšminga. Tai dar vienas signalas, kad žmogaus genetinė informacija veikia sudėtingiau, nei buvo manyta anksčiau.