Atkūrus nepriklausomybę savivalda Lietuvoje buvo kuriama beveik nuo nulio, todėl 1990 metais savivaldybių tarybų rinkimų tvarka smarkiai skyrėsi nuo dabartinės. Jurbarko rajone tuomet sudarytos 75 vienmandatės apygardos, o tarybos nariai, anuomet vadinti deputatais, buvo renkami tiesiogiai kiekvienoje apygardoje.
Tuomet kandidatų kėlimas buvo gerokai atviresnis nei šiandien: kandidatus galėjo siūlyti ne tik politinės organizacijos, bet ir patys gyventojai susirinkimuose, o norint išsikelti pačiam reikėjo rinkėjų palaikymo parašais. Išrinktu buvo laikomas kandidatas, gavęs daugiau nei pusę balsavusių rinkėjų.
Konkurencija buvo didelė: į Jurbarko rajono tarybą iškelta 241 kandidatas, vidutiniškai po 3,5 į vieną vietą. Rinkėjų aktyvumas taip pat išsiskyrė, nes pirmajame balsavime dalyvavo 71 proc., o pakartotiniame – 75,5 proc. rinkėjų, kai vėlesniais metais savivaldos rinkimuose dalyvavimas dažniausiai mažėjo.
1990–1995 metų sprendimai krizėje
1990 metų balandžio 18 dieną išrinkti 68 Jurbarko rajono tarybos deputatai susirinko į pirmąją sesiją, kurioje buvo suformuota tuometinė valdžios struktūra. Rajono tarybos pirmininku išrinktas Antanas Juozas Kazakevičius, o vykdomosios valdžios vadovu, tuomet vadintu valdytoju, tapo Saulius Lapėnas.
Tuo metu atstovaujamoji ir vykdomoji valdžios buvo ryškiai atskirtos: taryba paprastai posėdžiaudavo rečiau, o kasdienius sprendimus dažniau priimdavo valdyba. Savivaldybės darbą sunkino ir bendras Lietuvos politinis bei ekonominis spaudimas, įskaitant energijos išteklių tiekimo ribojimus ir ūkinio gyvenimo sutrikimus.
1991 metais, iš pareigų pasitraukus Sauliui Lapėnui ir jo vadovautai valdybai, taryba nauju valdytoju išrinko Praną Vaišvilą. Šiai komandai teko spręsti klausimus tuo metu, kai keitėsi ūkio sistema, stiprėjo privatizavimo procesai ir brendo socialinė įtampa.
1991 metų pabaigoje ir 1992 metų pradžioje prasidėjo kolūkių likvidavimo procesas, buvo sudaromos laikinosios administracijos. Lygiagrečiai vyko įmonių ir būsto privatizavimas, žemės reforma bei nuosavybės teisių atkūrimas, o tai savivaldybėms kėlė daug praktinių ir teisinių iššūkių.
1994–1997 metų reformos ir nauja rinkimų sistema
1994 metais Seimas priėmė naują Vietos savivaldos įstatymą, kuris įtvirtino funkcijų skirstymą į savarankiškąsias ir deleguotąsias. Kartu keitėsi institucinė sandara ir rinkimų modelis, o 1995 metais Jurbarko rajone pereita prie vienos daugiamandatės apygardos ir proporcinės sistemos, kai balsuojama už partijų sąrašus.
1995 metų rinkimuose Jurbarko rajono taryba buvo suformuota dvejiems metams, o rinkėjų aktyvumas siekė 49,23 proc. Į pirmąjį posėdį susirinkusi taryba meru išrinko Stasį Makūną, o administratoriaus pareigoms paskyrė Rimandą Plevoką, vėliau šias pareigas perėmė Algimantas Dagys.
Įsigaliojus reformoms, neliko apylinkių tarybų ir apylinkių viršaičių, o vietoje jų atsirado seniūnijos. 1995 metais seniūnų skyrimas buvo glaudžiai susietas su politine savivaldybės kadencija, todėl dalyje teritorijų pasikeitė iki tol dirbę vadovai.
Šis laikotarpis parodė ir trumpesnių kadencijų ribotumą: dveji metai dažnai buvo per trumpas laikas stabiliai politikai bei administravimui. Vėliau Konstitucijos pataisos savivaldybės tarybos kadenciją pailgino iki 3 metų, o nuo 2003 metų įtvirtinta 4 metų kadencija.
2000–2003 metų posūkis: Konstitucinio Teismo sprendimas
2000 metais pasirodė nauja Vietos savivaldos įstatymo redakcija, kuri aiškiau apibrėžė savivaldybės kontrolieriaus, seniūnijų, mero ir administracijos vadovo įgaliojimus. Tačiau modelis vis tiek išliko intensyvių korekcijų objektas, nes teisinė sistema bandė prisitaikyti prie praktinių savivaldos poreikių.
2002 metų gruodžio 24 dieną Konstitucinis Teismas konstatavo, kad tuometinis savivaldos modelis neatitinka Konstitucijos. Po to 2003 metų vasario 25 dieną nutrūko savivaldybės valdybos įgaliojimai, o vykdomosios institucijos vaidmuo buvo perorientuotas į administracijos direktoriaus instituciją.
Šis sprendimas iš esmės pakeitė valdžios balansą savivaldybėse: administracijos direktorius tapo pagrindine vykdomąja grandimi, o jo atsakomybė ir įgaliojimai išsiplėtė tiek vidaus administravime, tiek savivaldybės valdyme. Praktikoje tai reiškė aiškesnį atskyrimą tarp politinių sprendimų taryboje ir kasdienės administracijos veiklos.
Nuo 2004 metų: ES fondai ir tiesioginiai merų rinkimai
2004 metų gegužės 1 dieną Lietuvai įstojus į Europos Sąjungą, savivaldybėms atsivėrė naujos finansavimo galimybės, o Jurbarko rajone pradėta aktyviau rengti ir įgyvendinti struktūrinių fondų projektus. 2005 metais patvirtintas strateginis 2006–2015 metų plėtros planas, kuris apibrėžė rajono ilgalaikes kryptis.
2007 metais Jurbarko savivaldybėje suformuota nauja politinė dauguma, o kadencijos metu pirmą kartą savivaldybės istorijoje buvo pareikštas nepasitikėjimas meru ir mero pavaduotoju. 2008 metų gruodžio 18 dieną jie buvo atleisti, o merą tarybai pavyko išrinkti tik 2009 metų sausio 5 dieną.
2015 metų savivaldos rinkimai tapo istoriniu lūžiu visoje Lietuvoje, nes pirmą kartą merus pradėjo rinkti patys gyventojai. Jurbarko rajone meru po antrojo turo tapo pats išsikėlęs kandidatas Skirmantas Mockevičius, o tai parodė augantį tiesioginių rinkimų poveikį vietos politinei konkurencijai.
2019 metais Skirmantas Mockevičius buvo perrinktas antrajame ture, o 2023 metų kovo 19 dieną – dar kartą perrinktas 2023–2027 metų kadencijai. 2023 metais suformuota tarybos dauguma pasirašė koalicijos sutartį, o vėliau dalis tarybos narių pasiskelbė opozicija, taip pažymint naują politinį etapą rajono valdyme.
Per daugiau nei tris dešimtmečius Jurbarko savivalda perėjo nuo vienmandačių apygardų ir „deputatų“ rinkimų prie proporcinės sistemos, seniūnijų tinklo ir tiesiogiai renkamo mero. Kartu keitėsi ir sprendimų priėmimo logika: nuo krizinių 1990–1992 metų sprendimų iki šiuolaikinės savivaldos, kurioje vis didesnę reikšmę turi finansavimo šaltiniai, administracinė kompetencija ir vietos politinė atsakomybė.