Tag: Nature

  • Pirmą kartą pamatė, kaip ląstelės „susikalba“ visame gyvame kūne: tai keičia mediciną

    Pirmą kartą pamatė, kaip ląstelės „susikalba“ visame gyvame kūne: tai keičia mediciną

    Naujas žvilgsnis į kūną

    Biologijoje ilgą laiką vyravo fragmentuotas požiūris: vieni tyrimai nagrinėjo pavienes ląsteles, kiti – organus ar viso kūno sistemas. Nors mikroskopija leidžia matyti smulkiausias detales, o vaizdiniai tyrimai atveria didesnį vaizdą, realiu laiku stebėti, kaip ląstelės komunikuoja per visą gyvą organizmą, iki šiol buvo itin sudėtinga.

    Tarptautinė mokslininkų komanda pristatė metodą, kuris leidžia fiksuoti ląstelių signalus skirtinguose audiniuose ir organuose vienu metu. Tyrimo rezultatai publikuoti žurnale „Nature“ ir jau dabar laikomi svarbiu žingsniu, sujungiančiu ląstelių biologiją, fiziologiją ir neuromokslus.

    Kas yra WHOLISTIC metodas

    Naujoji technologija pavadinta WHOLISTIC – tai viso organizmo gyvo vaizdinimo sistema, skirta registruoti audinių ir viduląstelinį aktyvumą. Sistema leidžia sekundė po sekundės sekti, kaip visame kūne kinta ląstelių signalai, suteikdama galimybę vienu vaizdu aprėpti skirtingų organų tarpusavio sąveiką.

    Pirmiesiems bandymams pasirinkti natūraliai skaidrūs modeliniai organizmai – zebravisės lervos ir žuvis Danionella cerebrum, išliekanti skaidri ir suaugusi. Tokie gyvūnai laboratorijose vertinami dėl to, kad leidžia stebėti procesus gyvai, neardant audinių, o jų biologiniai mechanizmai dažnai padeda suprasti ir žmogaus fiziologiją.

    „Šis darbas sujungia du fundamentalius biologijos mastelius – ląstelę ir visą organizmą – ir leidžia užpildyti iki šiol buvusią stebėjimo spragą“, – sakė neuroinformatikos mokslininkė Virginie Ruetten, viena iš metodo kūrėjų.

    Kodėl pasirinktas kalcio signalas

    Metodas remiasi kalcio signalizacijos stebėjimu, nes kalcis yra vienas universaliausių ląstelių „kalbos“ elementų. Kalcio jonų koncentracijos pokyčiai ląstelėse dalyvauja raumenų susitraukimuose, nervinių impulsų perdavime, ankstyvuosiuose vystymosi etapuose ir programuotoje ląstelių žūtyje.

    Tyrėjai pasitelkė genetinius sprendimus, kad didelė dalis ląstelių pradėtų gaminti fluorescencinius kalcio jutiklius. Kai ląstelėje kinta kalcio lygis, jutikliai sužimba, todėl aktyvumą galima fiksuoti optiškai ir susieti su konkrečiais audiniais ar organų sistemomis.

    „Kai kurių labai bazinių organizmo savybių mums tiesiog trūko, nes buvo be galo sunku pažvelgti į ląstelių atsakus tokiu mastu“, – teigė Virginie Ruetten.

    Netikėti atradimai ir reikšmė medicinai

    Stebėjimai jau atskleidė netikėtų reakcijų: pavyzdžiui, kremzlę formuojančios ląstelės sureagavo į šaltį, o tai leidžia naujai kelti klausimus apie audinių jautrumą aplinkai. Taip pat fiksuota, kad į tam tikras medžiagas reaguoja ne tik neuronai, bet ir smegenis dengiantys apsauginiai audiniai, vadinami smegenų dangalais.

    Dar vienas svarbus rezultatas – geriau apčiuopiami viso kūno ritmai ir koordinacija, įskaitant raumenų tarpusavio sinchronizaciją bei raumenų ir organų sąveikas. Tyrėjai taip pat užfiksavo, kaip smegenų kamieno valdomi mechanizmai gali perskirstyti kraujotaką visame kūne, o tokie procesai svarbūs aiškinantis streso, temperatūros ar vaistų poveikį.

    Mokslininkai tikisi, kad WHOLISTIC principu paremtas vaizdinimas bus pritaikomas ir kitose laboratorijose, o ilgainiui padės tiksliau suprasti sistemines ligas. Tarp potencialių krypčių minimi neurologiniai sutrikimai, uždegiminės būklės, vaistų poveikio vertinimas ir tyrimai, kuriuose svarbu matyti ne vieną organą, o viso organizmo atsaką.

  • Teksase rastą „vėžiagyvį“ perrašė iš naujo: 324 mln. metų fosilija – 24 kojų vabzdys

    Teksase rastą „vėžiagyvį“ perrašė iš naujo: 324 mln. metų fosilija – 24 kojų vabzdys

    Vakarų Teksase dar 1985 metais aptikta fosilija, ilgus dešimtmečius laikyta jaunu vėžiagyviu, pasirodė esanti visiškai nauja, mokslui anksčiau neaprašyta vabzdžių rūšis. Naujas tyrimas rodo, kad maždaug prieš 324 mln. metų gyvenęs organizmas priklausė šešiakojų (hexapodų) linijai, nors išsiskyrė neįprasta sandara.

    Mokslininkai naują rūšį pavadino Chosha praecursor ir pabrėžė, kad ji turi 24 irklą primenančias kojas, o ne įprastas šešias, būdingas šiuolaikiniams vabzdžiams. Tokia anatomija ilgai klaidino, nes fosilija buvo aptikta sluoksniuose kartu su kitais vandens nariuotakojais, o įspaudas tamsiame akmenyje buvo sunkiai įskaitomas.

    Peržiūra tapo įmanoma pasitelkus kryžmiškai poliarizuotos šviesos vaizdinimą, kuris sumažina atspindžius ir leidžia geriau matyti smulkias struktūras. Taip tyrėjai aiškiau identifikavo galvos ir antenų požymius bei kitus bruožus, būdingus ankstyviesiems vabzdžiams, bet kartu fiksavo ir vėžiagyvius primenantį pilvelį.

    „Mūsų filogenetinė rekonstrukcija rodo, kad Chosha praecursor yra šešiakojis, todėl labiausiai tikėtina, kad tai anksti atsiskyręs vabzdys“, – teigiama tyrime.

    Tyrėjų teigimu, ypač intriguoja pilvelyje matomi, žiaunas primenantys priedai, kurie gali rodyti pusiau vandens gyvenimo būdą. Tai sustiprina hipotezę, kad ankstyvųjų vabzdžių perėjimas iš vandens į sausumą galėjo būti ne staigus, o laipsniškas, apimantis pakrančių ir šlapynių aplinkas.

    Dar vienas svarbus kontekstas – vadinamoji šešiakojų spraga, kai fosilijų įraše trūksta aiškių radinių, o genetiniai laiko modeliai rodo senesnę kilmę nei leidžia patvirtinti iškasenos. Naujoji fosilijos interpretacija, kartu su kitų mįslingų ankstyvųjų šešiakojų peržiūra, gali padėti geriau suderinti šiuos du įrodymų šaltinius.

    Šis atradimas svarbus ne tik dėl naujos rūšies, bet ir dėl platesnio vaizdo: jis primena, kad ankstyvųjų vabzdžių evoliucijoje galėjo egzistuoti daug įvairesni kūno planai nei vėliau nusistovėjusios šešių kojų „taisyklės“. Mokslininkai tikisi, kad pažangesni vaizdinimo metodai ir kitų senų kolekcijų peržiūra atskleis daugiau panašių klaidingai priskirtų fosilijų.

  • Mokslininkų proveržis: sustabdė uždegiminę ląstelių mirtį ir atvėrė kelią naujiems vaistams

    Mokslininkų proveržis: sustabdė uždegiminę ląstelių mirtį ir atvėrė kelią naujiems vaistams

    Naujas būdas sustabdyti pyroptozę

    Vroclavo technologijos universiteto Chemijos fakulteto mokslininkai kartu su JAV biotechnologijų bendrove „Genentech“ pristatė naują strategiją, kaip selektyviai stabdyti pyroptozę – uždegiminę, programuotą ląstelės mirtį. Tyrimo rezultatai rugpjūčio 3 dieną paskelbti mokslo žurnale „Nature“.

    Pyroptozė yra viena iš organizmo gynybos grandžių: ji padeda kovoti su infekcijomis, tačiau pernelyg suaktyvėjusi gali smarkiai didinti uždegimą ir žaloti audinius. Šis mechanizmas siejamas su sunkiomis būklėmis, tarp jų sepsiu, ūminiu kvėpavimo distreso sindromu ir sunkiu COVID-19.

    Kaip veikia atrastas mechanizmas

    Mokslininkai pasitelkė ląstelės membranoje susidarančias poras, kurias formuoja baltymas gasdermina D. Kai uždegiminės kaspazės suaktyvina šį baltymą, jo fragmentai pramuša membraną, o per atsiradusias angas pradeda išsiskirti citokinai, ypač IL-1β ir IL-18, kurie signalizuoja imuninei sistemai.

    Ankstesni kaspazių inhibitoriai dažnai prasiskverbdavo ir į sveikas ląsteles, todėl jų taikymą ribojo saugumo bei veiksmingumo problemos. Naujoje strategijoje sukurti inhibitoriai specialiai suprojektuoti taip, kad per nepažeistą membraną beveik nepatektų, o į vidų patektų tik tuomet, kai pyroptozė jau prasidėjusi ir poros jau susiformavusios.

    Patekę per gasderminos D poras, inhibitoriai blokuoja uždegimines kaspazes ir pristabdo tolesnę proceso eigą, įskaitant naujų porų formavimąsi ir citokinų išsiskyrimą. Tokiu būdu ląstelė gauna laiko įjungti membranos taisymo sistemas, siejamas su ESCRT kompleksu, kurios gali padėti užglaistyti pažeidimus.

    Ką parodė bandymai ir kas toliau

    Laboratoriniuose bandymuose dalis išgelbėtų ląstelių išlaikė gebėjimą augti ir dalytis mažiausiai 12 dienų. Svarbu ir tai, kad inhibitorius veikė net tada, kai buvo panaudotas praėjus kelioms valandoms po pyroptozės pradžios, o tai leidžia kalbėti apie trumpą, bet realų terapinį langą.

    Tyrėjai pabrėžia, kad šis metodas nepaveikė apoptozės, kitos programuotos ląstelių mirties formos, kurioje gasderminos D poros nesusidaro. Tai sustiprina prielaidą, jog selektyvus patekimas į ląstelę vyksta būtent per pyroptozės metu atsirandančias poras.

    Eksperimentuose su pelėmis, endotoksinio šoko modelyje, junginys KGR-53P sumažino prouždegiminių citokinų IL-1β ir IL-18 koncentracijas kraujyje. Vis dėlto autoriai pabrėžia, kad tai dar nėra paruoštas vaistas: KGR-3 ir KGR-53P laikomi tyrimams skirtais junginiais, kuriuos dar reikia optimizuoti ir įvertinti platesniuose ikiklinikiniuose tyrimuose.

    Projektas gimė iš ilgalaikės tarptautinės partnerystės: cheminę ir fermentologinę kryptį Vroclave pradėjo dr. hab. inž. Marcin Poręba vadovaujama komanda, kuri sukūrė inhibitorinių junginių biblioteką ir ištyrė jų sąveiką su kaspazėmis. Prie darbo prisidėjo ir kiti tyrėjai, o dalį tyrimų finansavo Lenkijos Narodowe Centrum Nauki pagal OPUS programą.

    „Kelias nuo fundamentinių tyrimų ir doktorantūros iki tarptautinės partnerystės rodo, kaip gimsta pasaulinio lygio mokslas“, – sakė Vroclavo technologijos universiteto rektorius prof. Arkadiusz Wójs.

    Pasak tyrėjų, pagrindinė šio darbo vertė – naujas tikslinio gydymo principas: naudoti gasderminos D poras kaip selektyvų vartą į ląsteles, kurios jau įsitraukė į uždegiminės mirties procesą. Tokia kryptis ateityje gali padėti kurti tikslesnes terapijas uždegiminėms ligoms, sumažinant poveikį sveikiems audiniams.

  • Mokslininkai pietų Indijos vandenyne pirmąkart tiesiogiai užfiksavo naujo vandenyno dugno formavimąsi

    Vandenyninė pluta dengia didžiąją Žemės paviršiaus dalį ir nuolat atsinaujina vidurio vandenynų kalnagūbriuose, kur tektoninės plokštės skiriasi. Paprastai šį procesą mokslininkai vertina netiesiogiai, remdamiesi geologiniais pėdsakais ir pavieniais seismologiniais signalais.

    Šį kartą situacija buvo kitokia: 2024 metų vasarį Prancūzijos nacionalinio mokslinių tyrimų centro komanda įrengė povandeninę observatoriją OHA-GEODAMS. Ji apėmė atkarpą povandeniniame kalnagūbryje netoli atokių Amsterdamo ir Sen Polo salų.

    2024 metų balandžio 26 dieną toje zonoje prasidėjo žemės drebėjimų „spiečius“, tapęs signalu, kad dugnas ima skilti ir plėstis. Tyrėjams pasisekė, nes netoliese išsiliejusi lava nepalaidojo prietaisų: ji pasiekė maždaug už 2 kilometrų, todėl stebėjimai nebuvo nutraukti.

    Vidurio vandenynų kalnagūbriuose plokštės skiriasi, o iš mantijos kylanti magma užpildo atsiveriančius plyšius. Magmai stingstant susiformuoja nauja vandenyninė pluta, o procesą dažnai lydi žemės drebėjimai ir laipsniškas dugno reljefo persitvarkymas.

    Tačiau naujieji matavimai parodė, kad vien drebėjimų neužtenka paaiškinti visam fiksuotam poslinkiui. Užfiksuotas horizontalus dugno judėjimas atitiko tai, kas kai kuriais atvejais būtų susikaupę per 30–60 metų nuolatinio plėtimosi, nors registruotų drebėjimų magnitudė siekė apie 5.

    Tokie skirtumai verčia iš naujo vertinti, kiek energijos ir deformacijos vandenynų plėtimasis „paslepia“ nuo seismometrų. Mokslininkai daro išvadą, kad didelė judesio dalis vyko aseisminiu būdu, tai yra kaip lėtas slydimas be ryškių smūginių drebėjimų.

    Tiesioginiai stebėjimai leidžia geriau suprasti, kaip magmos įsiveržimai iš tikrųjų „išskiria“ plokštes ir kaip greitai gali pasikeisti dugno struktūra. Tai svarbu ir tikslesniam seisminių rizikų vertinimui regionuose, kur tektoninis judėjimas gali vykti ne tik staigiais smūgiais, bet ir tyliais šliaužimo epizodais.

    Be to, tokie įvykiai padeda tikslinti vandenyninės plutos formavimosi modelius, kurie naudojami aiškinant Žemės šilumos srautus, cheminių elementų apytaką tarp gelmių ir vandenynų, taip pat ilgalaikę planetos tektoninę raidą. Tyrimo rezultatai paskelbti žurnale „Nature“.

  • Humanoidiniai robotai pirmą kartą atliko operacijas: mokslininkai sako, tai keis ligonines

    Humanoidiniai robotai pirmą kartą atliko operacijas: mokslininkai sako, tai keis ligonines

    Pasaulyje pirmą kartą nuotoliniu būdu valdomi humanoidiniai robotai atliko operacijas per ikiklinikinius bandymus su dideliais neprimatais. Tyrėjų teigimu, toks proveržis gali atverti kelią chirurginei pagalbai ten, kur trūksta specialistų ir modernios įrangos.

    Eksperimentą aprašė žurnalas „Nature“, o jį įgyvendino Kalifornijos universiteto San Diege inžinierių ir chirurgų komanda. Vieno bandymo metu žmogus chirurgas dirbo su humanoidiniu robotu kaip asistentu, o kito metu du robotai veikė greta, atlikdami procedūrą be tiesioginės žmogaus pagalbos.

    Kuo skiriasi nuo įprastų robotų?

    Šiuo metu plačiausiai taikomos robotinės chirurgijos platformos paprastai remiasi 3–4 robotinėmis rankomis, specializuotais instrumentais ir uždaromis programinėmis sistemomis. Tokia įranga gali sverti šimtus kilogramų, reikalauja paruoštos infrastruktūros ir nemažos komandos konfigūracijai.

    Tyrime naudoti humanoidiniai robotai buvo apie 1,5 metro ūgio ir maždaug 27 kilogramų masės. Svarbi detalė ta, kad jie su adapteriais gali naudoti įprastus chirurginius įrankius ir užima gerokai mažiau vietos, todėl teoriškai būtų lengviau pritaikomi mažesnėse gydymo įstaigose.

    Kur tai galėtų būti pritaikyta?

    Mokslininkai akcentuoja universalumą: mobilūs humanoidai galėtų padėti mažose regioninėse ligoninėse, atokiose vietovėse ar nelaimių zonose, kur komandoms sunku greitai atvykti. Taip pat minimos ir ekstremalios aplinkos, pavyzdžiui, būsimos kosminės misijos, kur medicininė pagalba turėtų būti kuo savarankiškesnė.

    Ilgalaikėje perspektyvoje tokios sistemos galėtų būti naudojamos ne tik pačiai operacijai, bet ir kaip visavertė komandos dalis: paruošti operacinę, paduoti instrumentus, padėti standartizuoti veiksmus ir sumažinti personalo apkrovą.

    Didžiausi iššūkiai: greitis ir ryšys

    Kol kas technologija toli gražu nėra paruošta kasdieniam naudojimui ligoninėse. Bandymų metu robotus reikėjo ne kartą kalibruoti, todėl procedūros užtruko ilgiau nei su dabartinėmis robotinės chirurgijos sistemomis.

    Kita kritinė problema yra vėlinimas tarp chirurgo judesio ir roboto reakcijos, ypač kai valdymas vyksta per ryšio kanalus. Medicinoje net ir nedidelis vėlavimas gali turėti reikšmės tikslumui, saugumui ir sprendimų priėmimo greičiui.

    Vis dėlto tyrėjai vertina rezultatą kaip svarbų įrodymą, kad humanoidiniai robotai gali realiai veikti operacinės aplinkoje. Artimiausias etapas, pasak jų, būtų patikimumo didinimas, geresnis jutiklių ir valdymo tikslumas bei saugumo standartai prieš pereinant prie bandymų su žmonėmis.

    „Tai rodo, kad humanoidiniai robotai ateityje galėtų ne tik asistuoti chirurgams, bet ir atlikti dalį procedūrų nuotoliniu būdu, kai žmogaus specialisto vietoje nėra“, – sakė tyrėjai.

  • DI agentai laboratorijose keičia žaidimą: „Google DeepMind“ ir „FutureHouse“ žada šuolį vaistuose

    DI agentai laboratorijose keičia žaidimą: „Google DeepMind“ ir „FutureHouse“ žada šuolį vaistuose

    DI agentai perima rutiną

    Biomedicinos laboratorijose vis ryškiau matoma kryptis, kai dalį tyrėjo darbo perima autonominiai DI agentai. Jie greitina literatūros analizę, hipotezių kūrimą, duomenų interpretavimą ir net eksperimentų planavimą, todėl tai, kas anksčiau užtrukdavo mėnesius, kai kuriais atvejais sutrumpėja iki dienų.

    Žurnale Nature pastaruoju metu pristatyti keli nepriklausomi sprendimai rodo, kad daugiaagentės sistemos gali veikti kaip tarpusavyje besitikrinančių specialistų komanda. Tokia architektūra ypač vertinama ten, kur reikia vienu metu apdoroti daug šaltinių ir greitai patikrinti alternatyvias kryptis.

    „Tai primena skaitmeninę mokslininko mąstymo proceso versiją, o tikslas yra suteikti tyrėjams daugiau galios“, – sakė „Google DeepMind“ tyrėjas Vivekas Natarajanas.

    „Co-Scientist“ ir „Robin“: nuo hipotezių iki rezultatų

    Vienas iš aptariamų pavyzdžių yra „Google DeepMind“ sukurtas „Co-Scientist“, paremtas „Gemini“ architektūra. Sistema sukurta taip, kad generuotų struktūruotas mokslines hipotezes ir jas iteratyviai tobulintų, kai skirtingi agentai pateikia kritiką, alternatyvas ir patikslinimus.

    Publikacijose aprašoma, kad įrankis buvo taikytas ieškant jau patvirtintų vaistų naujoms indikacijoms, įskaitant ūminę mieloidinę leukemiją. DI sugeneravo kandidatų sąrašą, o žmonės tyrėjai atrinko kelias medžiagas laboratoriniams bandymams, kur dalis jų parodė perspektyvius rezultatus ląstelių tyrimuose.

    Kitas Nature aprašytas sprendimas yra ne pelno organizacijos „FutureHouse“ platforma „Robin“, kuri orientuota į uždaros tyrimų kilpos principą. Tai reiškia, kad sistema gali parengti literatūros apžvalgą, suformuoti hipotezę, pasiūlyti eksperimentų planą ir vėliau interpretuoti gautus duomenis, nors pačius bandymus vis dar atlieka žmonės laboratorijoje.

    „Robin“ pademonstruotas ir su amžine geltonosios dėmės degeneracijos sausa forma susijęs scenarijus, kai sistema pasiūlė galimą kryptį, paremtą ląstelinių procesų suaktyvinimu, ir nurodė vaistą, anksčiau sietą su kita indikacija. Vėliau, remiantis aprašymu, buvo suplanuoti papildomi tyrimai, padėję geriau suprasti galimą mechanizmą.

    Kodą rašantis asistentas ir ribos

    Tarp Nature pristatytų krypčių minimas ir „Google DeepMind“ sprendimas „Empirical Research Assistance“, skirtas automatizuoti mokslinių skaičiavimų programavimą. Idėja paprasta: kai tyrimą stabdo lėtai kuriamas kodas, agentinė sistema siūlo greitesnį kelią iki veikiančių analizės įrankių.

    Vis dėlto mokslininkai pabrėžia ribas: tokios sistemos dažnai remiasi dideliais kalbos modeliais, kurie gali generuoti įtikinamai skambančius, bet klaidingus teiginius. Dėl to praktikoje akcentuojamas žmogaus vaidmuo tiek orkestruojant užduotis, tiek tikrinant kritinius etapus, ypač kai sprendimai gali lemti brangias laboratorines kryptis.

    Siekiant mažinti klaidų riziką, daugiaagentėse platformose diegiami vidinės diskusijos ir tarpusavio vertinimo mechanizmai. Tai leidžia vienam agentui tikrinti kito prielaidas, o galutinius sprendimus palikti žmogui, kuris vertina, ar hipotezė moksliškai pagrįsta ir praktiškai patikrinama.

    MIT kryptis: DI su fizikos taisyklėmis

    Lygiagrečiai Massachusetts Institute of Technology tyrėjai stiprina kitą kryptį, kai DI modeliuose sąmoningai įtvirtinami fizikiniai ir cheminiai apribojimai. Tai ypač svarbu vaistų atrankoje, kur potencialių molekulių erdvė yra milžiniška, o aklas paieškos metodas tampa neefektyvus net ir su didele skaičiavimo galia.

    MIT komandos kuriami įrankiai, tokie kaip „ShEPhERD“ ir „FlowER“, siejami su tikslesniu molekulių formos, reakcijų produktų ir sintezės kelių prognozavimu. Pabrėžiama, kad modelių tikslumas didėja, kai jie ne tik mokosi iš pavyzdžių, bet ir privalo laikytis fundamentalių apribojimų, pavyzdžiui, masės tvermės.

    Bendra tendencija aiški: DI agentai sparčiai plečia tyrėjų galimybes, tačiau artimiausiu metu jie greičiau taps komandos nariais, o ne visiškais pakaitalais. Didžiausias poveikis tikėtinas ten, kur reikia greitai apdoroti didelius informacijos kiekius, suformuoti patikrinamas hipotezes ir efektyviau nukreipti laboratorinius resursus.

  • DI sukurtas kūno atlasas parodė nutukimo žalą: netikėtas smūgis nervams ir jutimams

    DI sukurtas kūno atlasas parodė nutukimo žalą: netikėtas smūgis nervams ir jutimams

    Naujas dirbtinio intelekto įrankis padėjo mokslininkams itin detaliai pamatyti, kaip nutukimas veikia visą organizmą ląstelių lygiu. Tyrėjai teigia, kad žala apima gerokai daugiau nei riebalinį audinį ir gali paliesti kelias organų sistemas vienu metu.

    Tyrimas paskelbtas žurnale „Nature“, jį atliko Helmholtz Munich ir Liudviko Maksimiliano universiteto Miunchene mokslininkai su partneriais. Jie sukūrė DI sistemą „MouseMapper“, kuri formuoja viso kūno trimatį atlasą ir vienoje analizėje atpažįsta dešimtis milijonų struktūrų.

    Kaip sudaromas viso kūno žemėlapis

    Atlasą tyrėjai kūrė naudodami peles: nervų ir imuninės sistemos ląstelės buvo pažymėtos fluorescenciniais žymenimis. Vėliau pritaikytos audinių skaidrinimo technologijos, kurios padaro kūną optiškai skaidrų, bet išsaugo švytinčius signalus.

    Tuomet buvo atlikti viso kūno didelės raiškos trimačiai skenavimai šviesos lakšto mikroskopija. DI automatiškai išanalizavo vaizdus ir sužymėjo 31 organą bei audinių tipą, leidžiant uždegimo ar pažeidimų zonas matyti vienu vaizdu.

    Ką atskleidė nutukimo modelis

    Platforma buvo išbandyta su pelėmis, maitintomis daug riebalų turinčia dieta, kuri sukelia nutukimą ir medžiagų apykaitos pokyčius, panašius į stebimus žmonėms. Rezultatai parodė, kad uždegiminiai ir struktūriniai pakitimai fiksuojami ne vien riebaliniame audinyje, bet ir, pavyzdžiui, kepenyse bei raumenyse.

    Didžiausia staigmena buvo nervų sistemoje. Tyrėjai nustatė ryškius trišakio nervo, atsakingo už veido jutimus, pokyčius: nutukusių pelių nervas turėjo mažiau šakų ir galūnėlių, o elgsenos testai rodė silpnesnį atsaką į prisilietimą.

    Ar tai galiotų ir žmonėms?

    Mokslininkai papildomai ištyrė žmonių audinių mėginius iš asmenų, turinčių nutukimą. Juose aptikti panašūs molekuliniai pokyčiai trišakio nervo mazge, o tai leidžia manyti, kad pelėse matomas nervų pažeidimo mechanizmas gali būti aktualus ir žmonėms.

    Vis dėlto tyrėjai pabrėžia, kad gyvūnų modeliai ne visada tiesiogiai atspindi žmogaus organizmą, todėl išvadoms patvirtinti reikės daugiau klinikinių duomenų. Tuo pačiu tokio tipo atlasai gali padėti greičiau identifikuoti rizikos vietas, kurias verta tikrinti pacientams.

    Komanda tikisi, kad ateityje tokios platformos leis ligas vertinti kaip tarpusavyje susijusių sistemų visumą, o ne atskirų organų problemą. Ilgalaikė kryptis – vadinamieji skaitmeniniai dvyniai, kai ligos eiga modeliuojama kompiuteriu ir taip galima greičiau atrinkti perspektyviausias gydymo strategijas.

  • Mokslininkai aptiko 1 700 slaptų baltymų: tai gali pakeisti vėžio ir kitų ligų gydymą

    Mokslininkai aptiko 1 700 slaptų baltymų: tai gali pakeisti vėžio ir kitų ligų gydymą

    Mokslininkai praneša aptikę daugiau nei 1 700 iki šiol nepastebėtų baltymų tipo molekulių žmogaus ląstelėse. Jos aptiktos tose genomo vietose, kurios ilgą laiką buvo laikomos nekoduojančiomis arba menkai reikšmingomis, todėl atradimas papildo supratimą, kiek informacijos iš tiesų yra panaudojama ląstelėse.

    Šios molekulės nėra klasikiniai dideli baltymai, kuriuos įprastai aprašo genų anotacijos. Dalis jų labai mažos arba neįprastos sandaros, todėl tyrėjai jas išskyrė į atskirą kategoriją ir siūlo terminą peptidein, pabrėždami, kad tai tarpinė grandis tarp peptidų ir tradicinių baltymų.

    Tai kilo iš „tamsiojo“ genomo

    Daug metų biologijoje dominavo požiūris, kad tik nedidelė DNR dalis koduoja baltymus, o likusi dalis tėra vadinamoji šiukšlinė DNR. Pastaraisiais dešimtmečiais šis įsitikinimas sparčiai keičiasi, nes vis daugiau nekoduojančių sričių siejama su genų reguliacija, ląstelių veiklos valdymu ir ligų rizika.

    Naujausias darbas šią kryptį sustiprina: „tamsiojo“ genomo sritys, pasirodo, gali ne tik reguliuoti kitus genus, bet ir pačios duoti pradžią naujai molekulių klasei. Tyrėjai pabrėžia, kad tai plečia žinomą proteomą ir gali pakeisti, kaip ieškoma ligų mechanizmų.

    Milžiniška duomenų analizė ir pirmieji signalai apie vėžį

    Atradimas paremtas plataus masto skaičiavimais ir daugybės eksperimentų duomenimis, kai buvo tikrinama, ar iš vadinamųjų nekonvencinių atvirų skaitymo rėmų susidaro aptinkamos molekulės. Iš tūkstančių kandidatinių sričių identifikuota 1 785 mikrobaltymų tipo junginių, kuriuos pavyko patvirtinti kaip realiai susidarančius ląstelėse.

    Vienas iš labiausiai dėmesį patraukusių pavyzdžių siejamas su genu, anksčiau laikytu nekoduojančiu: laboratoriniuose bandymuose išjungus su juo susijusią molekulę, vėžinės ląstelės augo prasčiau. Tai dar nereiškia, kad artimiausiu metu atsiras naujas vaistas, tačiau rodo, jog dalis peptidein gali turėti konkrečias biologines funkcijas.

    Ką tai gali reikšti medicinai?

    Didžioji dalis naujai aptiktų molekulių funkcijų dar neaiški, todėl artimiausiais metais laukia daug papildomų tyrimų, įskaitant jų raišką skirtinguose audiniuose ir sąsajas su ligomis. Jei paaiškės, kad dalis peptidein yra būtini tam tikroms vėžio ar kitų ligų ląstelių grandinėms, jie galėtų tapti naujais diagnostikos žymenimis ar gydymo taikiniais.

    „Mes tik pradedame suprasti, ką gali pasiūlyti šis tamsusis proteomas“, – sakė vienas iš tyrėjų, pabrėždamas, kad ši kryptis gali atverti naujų galimybių ieškant ligų priežasčių ir kuriant terapijas.

    Tyrimas publikuotas žurnale „Nature“, o autoriai pabrėžia, kad atradimas labiausiai keičia patį žemėlapį: kas laikyta tylia genomo zona, gali būti aktyvi ir biologiškai reikšminga. Tai dar vienas signalas, kad žmogaus genetinė informacija veikia sudėtingiau, nei buvo manyta anksčiau.

  • 400 000 metų dantys apvertė žmonijos kilmę: netikėtas Homo erectus ryšys su denisoviečiais

    400 000 metų dantys apvertė žmonijos kilmę: netikėtas Homo erectus ryšys su denisoviečiais

    Maždaug 400 000 metų senumo dantų emalyje aptikti baltymai pateikė netikėtą užuominą apie žmonijos giminės istoriją. Mokslininkai nustatė, kad dalis genetinės informacijos, „įrašyta“ baltymuose, sieja Homo erectus su paslaptingais denisoviečiais ir rodo galimus senovinius ryšius.

    Šis rezultatas stiprina pastaraisiais metais vis labiau įsitvirtinantį vaizdą, kad žmogaus evoliucija nebuvo tiesi ir tvarkinga. Eurazijoje ilgą laiką gyveno kelios žmonių giminės grupės, jos galėjo persidengti, konkuruoti ir kartais keistis genetine medžiaga.

    Kas rasta Kinijoje

    Tyrėjai analizavo šešis Homo erectus dantis iš trijų archeologinių vietovių Kinijoje, tarp jų ir Zhoukoudian apylinkėse netoli Pekino. Dantys datuojami maždaug 400 000 metų, todėl įprastai tikėtis išlikusios DNR būtų per drąsu.

    Tačiau dantų emalis yra itin kietas audinys, galintis labai ilgai išsaugoti baltymus. Šie baltymai kartais turi paveldimų variantų, kurie atspindi genetinius skirtumus, panašiai kaip DNR žymenys, tik išlieka gerokai ilgiau.

    Du baltymų variantai ir jų reikšmė

    Analizėje nustatyti du neįprasti emalio baltymo variantai. Vienas jų, kaip nurodoma tyrime, gali būti būdingas būtent Rytų Azijos Homo erectus linijai, nes kituose iki šiol tirtuose homininuose jis nebuvo aptiktas.

    Kitas variantas mokslininkams jau buvo žinomas iš denisoviečių tyrimų. Tai leidžia svarstyti, kad šių grupių istorijoje galėjo būti kontaktų, o genetinės ypatybės galėjo keliauti tarp skirtingų populiacijų per tarpininkaujančias grupes ar tiesioginius susitikimus.

    „Bendros gyvenamosios teritorijos sudaro galimybes sąveikoms“, – teigiama mokslininkų išvadose, pristatytose publikacijoje.

    Kodėl baltymai keičia evoliucijos tyrimus

    Denisoviečiai išlieka viena mįslingiausių žmonių giminės grupių, nes jų fosilijų rasta labai mažai, o duomenys fragmentiški. Būtent todėl baltymų analizė, dar vadinama paleoproteomika, tampa vis svarbesnė: ji leidžia gauti molekulinės informacijos iš itin senų radinių.

    Šis metodas ypač naudingas ten, kur DNR nebeišsilaiko dėl laiko, temperatūrų svyravimų ar cheminės aplinkos. Dantys tokiuose tyrimuose laikomi vienu patikimiausių šaltinių, nes emalis gali išlaikyti informatyvius baltymus šimtus tūkstančių metų.

    Nauji duomenys taip pat dera su ankstesniais genetiniais tyrimais, kurie parodė, kad šiuolaikinių žmonių genomuose kai kuriose pasaulio populiacijose išliko denisoviečių kilmės įnašas. Tai reiškia, kad senovinės sąveikos galėjo turėti ilgalaikių pasekmių žmogaus biologinei įvairovei.

    Tyrėjai pabrėžia, kad vien šis atradimas denisoviečių paslapties neišsprendžia, tačiau prideda svarbią detalę prie sudėtingo paveikslo. Tolimesni panašūs tyrimai skirtinguose regionuose ir laikotarpiuose gali padėti tiksliau suprasti, kaip kito Homo erectus populiacijos ir su kuo jos susitiko.

    Tyrimo rezultatai paskelbti žurnale Nature.

  • 175 000 metų senumo pėdsakas Prancūzijos olos gelmėje: ar tai galėjo būti neandertaliečio kelias?

    Giliai Prancūzijos pietvakariuose esančios Briunikelio olos dalyje mokslininkai aptiko molyje išlikusį paslaptingą įspaudą, kurį dengia plonas kalcito sluoksnis. Tyrėjai svarsto, kad tai galėjo būti ne pėda, o neandertaliečio kelio atspaudas, paliktas prieš maždaug 175 000 metų.

    Radavietė išskirtinė tuo, kad įspaudas aptiktas šalia vadinamųjų Briunikelio struktūrų, sukrautų iš sulaužytų stalagmitų fragmentų. Šie ratai ir linijos yra daugiau nei 300 metrų nuo olos įėjimo, vietoje, kur nėra natūralios šviesos.

    Pasak tyrėjų, didžioji dalis senovinių žymių urvuose ilgainiui sunyksta dėl drėgmės, nuosėdų ir vėlesnių gyvūnų veiklos. Šiuo atveju įspaudą tarsi „užkonservavo“ kalcitas, tas pats mineralas, iš kurio formuojasi stalagmitai.

    Mokslininkai pabrėžia, kad žmonių pėdsakai archeologijoje tiriami dažniau, o kelio įspaudai aptinkami itin retai. Dėl to identifikacija atsargi: kol kas tai laikoma hipoteze, kuriai reikia daugiau palyginamųjų pavyzdžių.

    Briunikelio olos struktūros mokslo pasaulyje plačiau aptartos po 2016 metais publikuotų tyrimų, kai buvo parodyta, kad stalagmitų fragmentai sudėti tyčia. Datavimas rodo, kad veikla oloje vyko gerokai anksčiau nei Europoje paplito Homo sapiens, todėl labiausiai tikėtini autoriai yra neandertaliečiai.

    Tyrimuose pabrėžiama ir logistika: norint nusigauti taip toli į olos gelmę, reikėjo patikimų šviesos šaltinių ir planavimo. Netoli struktūrų rasti degimo pėdsakai leidžia manyti, kad ugnis buvo naudojama apšvietimui ir veiklai palaikyti.

    Vienas intriguojančių klausimų yra galimybė aptikti biologinių likučių, kurie galėjo patekti į kalcitą, kai šis dengė įspaudą. Kai kurie tyrėjai atkreipia dėmesį, kad tam tikromis sąlygomis mineralinės nuosėdos gali „užrakinti“ mikroskopinius pėdsakus, tačiau tai nereiškia, kad DNR būtinai išliko.

    Šiuolaikinė archeologija vis dažniau remiasi kompleksiniais metodais, kai geologija, chemija ir mikroskopiniai tyrimai padeda atsakyti į klausimus, kurių neįmanoma spręsti vien pagal formą. Briunikelio olos atvejis rodo, kad net vienas įspaudas gali tapti svarbia užuomina apie žmonių elgseną gilioje praeityje.

    Tyrėjų komanda siekia tiksliau atsekti, iš kurių olos vietų buvo paimti stalagmitų fragmentai ir ar medžiagos rinktos kryptingai. Tokia analizė gali padėti suprasti, ar struktūros turėjo praktinę paskirtį, ar buvo susijusios su simboline veikla.

    Kol kas vienareikšmio atsakymo, kodėl neandertaliečiai statė ratus visiškoje tamsoje, nėra. Tačiau naujai aprašytas įspaudas sustiprina mintį, kad į olos gelmes jie leidosi ne atsitiktinai, o turėdami aiškų tikslą ir gebėjimus tai įgyvendinti.

    „Tai yra tik hipotezė. Kad būtume tikri, mums reikia daugiau kelio įspaudų palyginimui“, – sakė Sophie Verheyden.

    „Leidžiantis 300 metrų gilyn, būtina būti užtikrintam dėl šviesos“, – sakė Sophie Verheyden.